Любые изменения в компании будут вызывать сопротивление, об этом еще дедушка Ансофф говорил ) Бояться этого не стоит.
Другое дело, как вы донесете сущность этих изменений до персонала, и как выстроите процесс изменений. Сопротивление штука неприятная, может пустить насмарку любую оптимизацию )