Думаю, для таких ситуаций неплохо бы включать диктофон, когда отдаёт приказ и один, и другой заместитель, а также, если последний по хронологии приказ противоречит предыдущему - ставить в известность зама о предыдущем приказе другого зама. На счёт рапорта через голову не уверен, можно восстановить против себя обоих, придётся уходить.