Сталкивался с похожей проблемой - нас попросили переделать сч. фактуру, мотивируя это тем, что там указана форма собственности сокращенно, а название - полностью (ОАО \"Производственный кооператив \"Василёк\"). Попросили или указать всё сокращенно (ОАО \"ПК \"Василёк\"), или всё полностью. Думаю, всё зависит от позиции конкретной налоговой. Нас за это не трогают, хотя нас тоже можно \"сократить\", а кого-то - видимо трогают.
Ну, а если возвращаться к здравому смыслу (во всяком случае, моему), то придраться тут не к чему. Если у Вас сокращенное название совпадает с указанным в свидетельстве о внесении записи в ЕГРЮЛ, то у налоговой вопросы должны отпасть.