Для возврата излишне удержанного НДФЛ есть специальная процедура по 229-ФЗ: после обнаружения ошибки вы обязаны оповестить работника (перестрахуйтесь - письменно) в десятидневный срок, после он напишет заявление с реквизитами, куда вам перечислять. А на перечисление выделено три месяца.